NeuroMorph-Assessment README

The project's README from github.com/ruoyuw22-byte/NeuroMorph-Assessment. As one markdown file: README.md.

NeuroMorph Assessment (NMA)

Screenshot

NeuroMorph Assessment Overview

Overview

NeuroMorph Assessment (NMA) is an automated structural MRI morphometry and CAT12-based brain volume analysis system.

The software integrates MRI data organization, CAT12 processing, quantitative brain tissue measurement, visualization, and automated report generation into a unified workflow.

Key Features

Automated MRI Workflow

Quantitative Morphometry

NMA extracts structural measurements including:

The system includes quantitative consistency validation during result extraction.

Visualization and Reporting

Features include:

Workflow

MRI Data
   |
   v
Data Import
   |
   v
T1 Image Detection
   |
   v
CAT12 Processing
   |
   v
Tissue Segmentation
   |
   v
Volume Quantification
   |
   v
Visualization and Report

Project Structure

NeuroMorph-Assessment/

├── src/
│   ├── app.py
│   ├── ui.html
│   ├── NMAWebView.m
│   ├── launcher.sh
│   └── Info.plist
│
├── resources/
├── scripts/
├── examples/
├── docs/
├── requirements.txt
└── README.md

Software Requirements

NeuroMorph Assessment requires MATLAB together with SPM12 and CAT12 for structural MRI processing.

The software was developed and tested under the following environment:

Software Version

MATLAB R2022b SPM12 SPM12 CAT12 CAT12.8

MATLAB

MATLAB is required for running SPM12 and CAT12 neuroimaging pipelines.

Recommended version:

MATLAB R2022b

Official website:

https://www.mathworks.com/products/matlab.html

SPM12

SPM12 (Statistical Parametric Mapping) is a MATLAB-based neuroimaging analysis toolbox required by NeuroMorph Assessment.

SPM12 is used for:

Official download:

https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/software/spm12/

After installation, add the SPM12 directory to MATLAB:

addpath('/path/to/spm12')

spm('Defaults','fMRI')
spm_jobman('initcfg')

CAT12

CAT12 (Computational Anatomy Toolbox 12) is an extension toolbox for SPM12.

NeuroMorph Assessment uses CAT12 for:

Official website:

https://neuro-jena.github.io/cat/

Recommended installation structure:

spm12/
│
└── toolbox/
    │
    └── cat12/

Add CAT12 path in MATLAB:

addpath('/path/to/spm12')
addpath('/path/to/spm12/toolbox/cat12')

Configuration

Before running NeuroMorph Assessment, please ensure:

  1. MATLAB is correctly installed.
  2. SPM12 is available in MATLAB path.
  3. CAT12 is installed under the SPM12 toolbox directory.
  4. Required paths are correctly configured in the application.

Installation

Requirements:

Python dependencies are provided in:

requirements.txt

Usage

  1. Import MRI data.
  2. Configure analysis environment.
  3. Run the processing workflow.
  4. Review quantitative results.
  5. Generate reports.

Documentation

Additional documentation is available in:

docs/

Version

Current version:

v0.11.1

Citation

Citation information will be updated with the final publication or software registration information.

License

License information will be added after dependency review.

Acknowledgements

This project uses open-source neuroimaging tools including SPM12 and CAT12.

NeuroMorph-Assessment (ruoyuw22-byte/NeuroMorph-Assessment)

Searching Database…

246 ·GitHub
NeuroMorph-Assessment
Что это?NeuroMorph Assessment (NMA) — это автоматизированная система морфометрии структурной МРТ, объединяющая обработку CAT12, количественную оценку тканей мозга, визуализацию и автоматическую генерацию отчётов в единый рабочий процесс.
Это самостоятельное приложение или оно зависит от другого ПО для работы?Это настольное Python-приложение, работающее как обёртка и оркестратор вокруг MATLAB, SPM12 и CAT12 — само оно МРТ не обрабатывает, а управляет этими внешними инструментами и затем занимается визуализацией и отчётами.
Как это запустить?Установите Python 3.x, MATLAB с SPM12 и CAT12, а также dcm2niix, затем импортируйте данные МРТ, настройте среду анализа, запустите конвейер обработки, просмотрите количественные результаты и сгенерируйте отчёты.
Что именно нужно установить, чтобы это заработало?Нужны macOS, Python 3.x, MATLAB с SPM12 в пути MATLAB, набор инструментов CAT12, установленный внутри SPM12, и dcm2niix для конвертации DICOM в NIfTI.
Это лёгкая установка без возни?Нет — требуется платная лицензия MATLAB плюс ручная установка и настройка путей для двух отдельных наборов нейроинструментов (SPM12 и CAT12) прежде, чем приложение вообще запустится, так что установка тяжёлая и техническая.
Для кого это сделано?Для исследователей и клиницистов, занимающихся морфометрией структурной МРТ мозга, которые уже работают с конвейерами SPM12/CAT12 и хотят автоматизировать весь процесс от начала до конца.
Он работает только на macOS?Да, в перечисленных требованиях платформой указан macOS.
Лицензия окончательно определена?Пока нет — в метаданных GitHub сейчас указан MIT, но в самом README сказано, что условия лицензии ещё ожидают проверки зависимостей.
Какие показатели он реально извлекает из МРТ?Он извлекает общий внутричерепной объём (TIV), объём серого вещества, объём белого вещества и объём спинномозговой жидкости, со встроенной проверкой согласованности во время извлечения.
Он создаёт отчёт, которым можно поделиться?Да, он включает визуализацию МРТ в трёх плоскостях, предпросмотр количественных результатов, мониторинг хода обработки и в конце генерирует автоматический отчёт в PDF.
Можно ли уже сейчас сослаться на это в научной работе?Пока нет — в README сказано, что информация для цитирования будет добавлена, когда будет готова финальная публикация или регистрация ПО.
What are similar projects?fuck-cancer, damo-radar, Few-step-probabilistic-glucose-forecasting-from-continuous-glucose-monitoring-and-meal-images, Real-Time-Person-Elderly-Fall-Detection-System, presidio, langextract, matplotlib, HowToLiveBetter
Which topics is it in?medical-imaging, healthcare, desktop-application, health, visualization, desktop, research, gui, python, macos
Creator
ruoyuw22-byte
Size
1.5 MB
Stars
246
Updated
CommitAug 25Releasev0.11.1Aug 23
Age
1mo
Commits · 90 Days